2015-08-06
Mapping結果の.bam fileから、SNPなどの多型を抽出して、VCF formatのfileを生成します。その後、Variant Effect Predictorを使ってSNPのアノテーションを行います。方法は以前紹介したこのエントリ(VCF fileの生成)や、このエントリ(Variant Effect Predictorの使い方その1)、このエントリ(Variant Effect Predictorの使い方その2)とほとんど同じです。
(1) 多型情報の抽出(VCF fileの生成)
samtools (bcftools)を使って以下のコマンドを実行します。
# mpileup // やや時間がかかる(30分-1時間) samtools mpileup -g -f Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa ERR251633.chr6.sort.bam > ERR251633.chr6.bcf # bcftools view bcftools view -bvcg ERR251633.chr6.bcf > ERR251633.chr6.var.bcf # bcftools vcfutils.pl bcftools view ERR251633.chr6.var.bcf | vcfutils.pl varFilter -> ERR251633.chr6.var.vcf
(2) Variant Effect PredictorによるSNPsのアノテーション
Variant Effect Predictorのページに移動し、"ERR251633.chr6.var.vcf"を"Or upload file:"のところでアップロードして、解析を実行します。解析結果の見方はこちらを参照して下さい。