2015-03-26から1日間の記事一覧
複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。 #!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできて…
FASTA形式(.fa|.aln|.fasta)の配列ファイル(アラインメント済)をNEXUS形式 (.nex)に変換するスクリプトです。あとでMrBayesで解析を行うため、outfileにはmrbayes block(パラメータは固定)が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。繰り返…