NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2015-08-04から1日間の記事一覧

WGSデータの参照ゲノム配列へのマッピング (2): データのダウンロード

2015-08-06まず最初に、マッピングを行うNGSのサンプルデータを入手します。このデータを使用します。 HapMapで使用されている、東京に住む日本人のデータになります。Illumina HiSeq 2000で読まれたデータ(ペアエンド)で、.sraフォーマットで8.9GBありま…

WGSデータの参照ゲノム配列へのマッピング (1): 解析の概要

2015-08-06今回は、NGS (Illumina HiSeq) によって配列決定されたヒト全ゲノムのデータを、ヒトの参照ゲノム配列にマッピングします。ここでの目標は、以下の3つです。1. BWAを用いて、NGS readsをヒトゲノム参照配列にマッピングする 2. SNP情報を.vcf file…