NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2015-11-20から1日間の記事一覧

BAM fileからunmapped readsを抽出する(samtoolsを使用する)

BAM file (.bam)から、reference sequencesにmapされなかったreadsを抽出する方法について。以下、ちょっとした覚え書き。BAM fileはbwaなどでreference sequence(s)にNGS readsをマッピングした結果のoutput file であるSAM file (.sam)を圧縮したファイル…