NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2016-03-02から1日間の記事一覧

非モデル生物ゲノムのde novo assembly(その2):DBG2OLCを使用する(1): 下準備とインストール

ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど)のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…

非モデル生物ゲノムのde novo assembly(その1): はじめに、いくつかの方法

2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。 (現在、いろいろ試…