多重遺伝子の分子進化や、複数遺伝子座を使った系統解析で、個々の遺伝子のゲノム上の位置を示した図を作りたい時がありますが、そういう時に使える簡単な方法を調べたところ、以下のサイトがありました。https://stackoverflow.com/questions/33727432/how-…

Macを使っていると、大昔のMacCladeの代わりになるアラインメントエディタがなくてちょっと困ったりする。さすがにもうMacCladeは使えないので、何かないかといつも悩んでいたが、今回見つけたAliViewというソフトが決定版かもしれない。ormbunkar.se軽快な…

系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml名前の通り、原色のpopなHPである。ネットワーク図については、minimum spaning networkやmedian joining network…

以下のエントリーの続きです（じつに96日ぶり！）。RNA-Seqデータを用いた系統解析 (1): 解析の方針 - NGSデータ解析まとめ非モデル生物で、de novoに配列決定したRNA-Seqデータを系統解析に使用するには、いくつかのアプローチが考えられます。たとえば(1) …

RNA-Seqで得られる多数の異なる遺伝子座のデータをもとに系統推定をする方法について、以下では考えていきます。以下には、解析の方針を箇条書きにしてみます（変更の可能性あり）。(1) RNA-Seqによるデータの入手（Illumina MiSeqなどを使用）(2) Reference…

複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。 #!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできて…