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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

BWA

BAM fileにRead Groupを付ける(GATKへの対応)

以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。GATKでは、BAM fileにRead Group (@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。でもRead Groupって何、どうやって付けるの? 何を書けばいいの? という点で疑問だったので、ちょっと勉強してみまし…

WGSデータの参照ゲノム配列へのマッピング (4): BWAによるマッピング

2015-08-06ヒトゲノム参照配列に対して、NGSのリード(ERR251633)をbwaを使ってマッピングします。この辺りの解析は、以前のエントリと大体同じです。ただし、今回はmappingの前にNGSのraw dataに前処理をします。MappingするFASTQ fileに対して、qualityの…

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(3):bwaによるマッピング

2015-03-05(1) bwaを用いた解析 i) リファレンス配列のindexの作成 まずは、リファレンスとなる配列(ここではヒトゲノムChr.6)の indexを作成する。Macの性能にもよるが、5分程度かかる。 bwa index -a bwtsw Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa …