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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

GATK

GATKを用いた多型サイトの抽出:-L optionについて

参考URL: https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=4133 GATK HaplotypeCallerを使用して、リファレンスにマッピングされた特定の個人のヒトゲノムからSNPやINDELなどの多型を抽出するとき、-L optionを使用することで、計算量を節約できます…

BAM fileにRead Groupを付ける(GATKへの対応)

以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。GATKでは、BAM fileにRead Group (@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。でもRead Groupって何、どうやって付けるの? 何を書けばいいの? という点で疑問だったので、ちょっと勉強してみまし…