GATK
参考URL: https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=4133 GATK HaplotypeCallerを使用して、リファレンスにマッピングされた特定の個人のヒトゲノムからSNPやINDELなどの多型を抽出するとき、-L optionを使用することで、計算量を節約できます…
以下は個人的なメモ(覚え書き)になります。GATKでは、BAM fileにRead Group (@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。でもRead Groupって何、どうやって付けるの? 何を書けばいいの? という点で疑問だったので、ちょっと勉強してみまし…