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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

Perl

FASTA形式ファイルの(一括)変換

FASTA形式の塩基配列(アミノ酸配列)ファイルをNEXUS形式やPHYLIP形式に変換したい、ということはよくあります。単一のファイルならClustalwやMacCladeを使用して変換できますが、多数のFASTAファイルを扱う場合(数百〜数千遺伝子を用いた系統解析など)、…

Perlスクリプトの記法を試してみる fasta_to_nex.pl

FASTA形式(.fa|.aln|.fasta)の配列ファイル(アラインメント済)をNEXUS形式 (.nex)に変換するスクリプトです。あとでMrBayesで解析を行うため、outfileにはmrbayes block(パラメータは固定)が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。繰り返…