NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

RNA-Seq

GenomeやRNA-Seq assemblyの結果を確認する: assembly-statsについて

de novo assembleで得られたゲノムやRNA-Seqのデータについての統計値(contig長の平均・中央値・最大値、またN50-N100の値など)を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。以下のサイトからソースコードをダウンロードしてコンパ…

RNA-Seqデータを用いた系統解析 (2): Reference FASTA fileの作成(Trinityを使用)

以下のエントリーの続きです(じつに96日ぶり!)。RNA-Seqデータを用いた系統解析 (1): 解析の方針 - NGSデータ解析まとめ非モデル生物で、de novoに配列決定したRNA-Seqデータを系統解析に使用するには、いくつかのアプローチが考えられます。たとえば(1) …

RNA-Seqデータを用いた系統解析 (1): 解析の方針

RNA-Seqで得られる多数の異なる遺伝子座のデータをもとに系統推定をする方法について、以下では考えていきます。以下には、解析の方針を箇条書きにしてみます(変更の可能性あり)。(1) RNA-Seqによるデータの入手(Illumina MiSeqなどを使用)(2) Reference…