RNA-Seq
BRAKER 3.0.0をインストールしたので、それぞれの遺伝子予測方法の結果を比較してみた。インストール編はこちら。 Brakerによる遺伝子予測 GeneMark-EXおよびAUGUSTUSのtrainingに使用する配列情報により、3つの方法が提案されている。 Braker1: トランスク…
2023年3月3日、遺伝子予測プログラムBrakerの改良版であるBraker3が公開された。Brakerは、RNA-seqなどのtranscriptsをhintとしてゲノム中の遺伝子予測を行うBraker1と、近縁種などのタンパク質アミノ酸配列をhintとして遺伝子予測を行うBraker2があるが、Br…
de novo assembleで得られたゲノムやRNA-Seqのデータについての統計値(contig長の平均・中央値・最大値、またN50-N100の値など)を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。以下のサイトからソースコードをダウンロードしてコンパ…
以下のエントリーの続きです(じつに96日ぶり!)。RNA-Seqデータを用いた系統解析 (1): 解析の方針 - NGSデータ解析まとめ非モデル生物で、de novoに配列決定したRNA-Seqデータを系統解析に使用するには、いくつかのアプローチが考えられます。たとえば(1) …
RNA-Seqで得られる多数の異なる遺伝子座のデータをもとに系統推定をする方法について、以下では考えていきます。以下には、解析の方針を箇条書きにしてみます(変更の可能性あり)。(1) RNA-Seqによるデータの入手(Illumina MiSeqなどを使用)(2) Reference…