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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

Shell script

FASTA形式ファイルの(一括)変換

FASTA形式の塩基配列(アミノ酸配列)ファイルをNEXUS形式やPHYLIP形式に変換したい、ということはよくあります。単一のファイルならClustalwやMacCladeを使用して変換できますが、多数のFASTAファイルを扱う場合(数百〜数千遺伝子を用いた系統解析など)、…

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(5):bwa, samtools indexまでを同時に行うスクリプト

2015-03-05記事(3)-(4)の作業を一度に行うshell scriptを作りました。カレントディレクトリにあるすべての.fastqファイルに対して、ヒトChromosome 6へのマッピングを行い、.sort.bamファイル、index fileを作成します。使い方:.fastqファイルおよびreferen…

Shell scriptでも試してみる

複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。 #!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできて…