de novo assembly
ずいぶん久しぶりの更新(100日振り!)。でも忘れているわけではないのです・・・ Linux(ubuntu 16.04 LTS)にblasrをインストールした。いろいろ苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。 blasrについては、以前も別のコンピュータにインストールしこ…
(2016-03-04 暫定版です)前回の続きです。Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど)のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用い…
ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど)のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…
2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。 (現在、いろいろ試…