ずいぶん久しぶりの更新（100日振り！）。でも忘れているわけではないのです・・・ Linux（ubuntu 16.04 LTS)にblasrをインストールした。いろいろ苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。 blasrについては、以前も別のコンピュータにインストールしこ…

blasrのインストール（cmakeを使用する）

（2016-03-04 暫定版です）前回の続きです。Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用い…

非モデル生物ゲノムのde novo assembly（その2）：DBG2OLCを使用する(2): 解析の流れ

ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…

非モデル生物ゲノムのde novo assembly（その2）：DBG2OLCを使用する(1): 下準備とインストール

2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。 （現在、いろいろ試…

非モデル生物ゲノムのde novo assembly（その1）: はじめに、いくつかの方法