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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

このブログの方針

とりあえず、自分が日々作っているNGS関係のPerl scriptの断片とか、NGS関連、進化生物関連のプログラムの使い方とかをopenにしておく、半分以上自分のためのメモ、という使い方でどうか?

当面の記事(何か書けそうなもの)

  • Trinity --> TrinotateによるRNA-SeqデータのSQlite database作成
  • RNA-Seqデータを使った多数遺伝子での系統解析その1(アセンブル編: STAMPYを使う)
  • RNA-Seqデータを使った多数遺伝子での系統解析その2(系統樹編_1: 全sequenceをconcatenateして書く)
  • RNA-Seqデータを使った多数遺伝子での系統解析その3(系統樹編_2: BUCKyを使ってpopulation treeを書く)
  • bwaとかbowtie2を使ったゲノムマッピング
  • tophat2によるRNA-Seqデータのマッピング、allele specific expression解析など

それ以降は、自分が実際にリアルタイムでやってることを書き捨てるみたいな感じで維持できるかな?