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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(1):プログラムのインストール

2015-03-05

概要:ヒトMHC領域を含む6番染色体に、sequence captureで配列決定されたヒト33個体のMHC領域の配列をマッピングする
Mac OS XのTerminalを使って解析を行う。詳しい解析はRを使う(--> 次回4/13)


1. 下準備(必要なソフトのインストール、データのダウンロード)

(1) 必要なソフトのインストール
bwa (Burrows-Wheeler Aligner)のインストール
Burrows-Wheeler Aligner

コンパイル

make    #コンパイル実行
./bwa    #うごかしてみる

samtoolsのインストール
SAMtools

SRA toolkitのインストール
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software


PATHを通す
.bash_profileの作成

cd ~		# home directoryに移動
emacs .bash_profile	# emacsで.bash_profile作成(.から始まる不可視ファイル)

.bash_profileに以下のように書き込む

export PATH=$PATH:"path_to_program_files"	# PATH 環境変数の変更(PATH通す)

"path_to_program_files"には、programのファイルがあるdirectoryのpath、たとえば、"/Users/Hashi_private_Mac/sources/bwa-0.7.12"のように入力する。

ctrl+x ctrl+s # これで保存
ctrl+x ctrl+c # これでemacs閉じる

ShellにPATHを認識させるため、以下のコマンドを入力。あるいは一度shellを閉じて再度開く。

source .bash_profile		# .bash_profile実行

Tabletのインストール (optional)
http://ics.hutton.ac.uk/tablet/