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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(6):samtools tviewコマンドで.bam fileの中身を見る

2015-03-05

samtools tviewコマンドで、簡易的な.bam file viewerを使うことができます。samtools tviewの詳しい使用方法は、
NGS Surfer's Wiki | SAMtools
を参照して下さい。

ここでは、ヒトclass I MHC領域の特定の遺伝子に、MiSeqのリードがmapされているかどうかを確認します。

(1) samtools tviewを起動する
以下のように入力します。

samtools tview DRR003760.sort.bam Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa

(2) HLA遺伝子領域に移動する

samtools tviewを起動した状態で"g"を押すと、

+------------------------------------------------+
| Goto:                                          |
+------------------------------------------------+

のようなものが出るので、ここで

6:29942470

と入力してreturn。これで、HLA-Aのコードされている位置(Chr.6: 29942470-)に移動します。
ここから、位置を右(3'側)に移動するには
l(小文字L):1bpずつ移動
shift+l(大文字L) :20bpずつ移動
ctrl+l:1,000bpずつ移動
逆に左(5'側)に移動する場合は、"h"を使用する。使い方は"l"と同じ。

その他、captureされているMHC遺伝子の位置は以下になります。それぞれチェックしてみて下さい。

HLA-A: 6:29942470..29945884
HLA-C: 6:31268749..31272136
HLA-B: 6:31353868..31357212
HLA-DRB1: 6:32578769..32589836
HLA-DQA1: 6:32637396..32654774
HLA-DQB1: 6:32659464..32666689

(3) その他、いくつかのコマンド

## samtools tviewの動かし方(いくつかのコマンド)
?		# コマンドのhelpを表示
g		# 入力した数値の位置に移動 (ex: 6:29942470)
ctrl + H	#左に移動 (1000bp)
ctrl + L	#右に移動 (1000bp)
shift + H	#左に移動 (20bp)
shift + L	#左に移動 (20bp)
H		#右に移動 (1bp)
L		#左に移動 (1bp)
K		#下に移動 (1bp)
J		#上に移動 (1bp)
M		# readのqualityで色分け(黄色、緑、青はquality低い)
N		# readの塩基で色分け(ATGCatgc)
Q		#終了