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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(7):samtools mpileup, bcftoolsでSNPsを抽出する

2015-03-05

まず、
MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(5):bwa, samtools indexまでを同時に行うスクリプト - NGSデータ解析まとめ
のshell script (mapping_mhc.sh)を使って、DRR003760, DRR003761, DRR003762の3つのMiSeqデータをヒトchr.6にマッピングし、.sort.bamファイルを作成して下さい。

データのダウンロードサイト

ここでは、samtools mpileupコマンドを使用して、複数のmapping結果から、多型サイト(referenceのゲノム配列と異なる塩基サイト、indel)を抽出します。結果はBCFという形式のファイルに出力されます。その後、bcftoolsおよびvcfutils.plを用いて、VCF形式の多型サイトのリストを作成します。

Shell scriptを使用した場合、結果は./mapping_results/DRR0037*/の中にあるので、以下のようにコマンドを入力・実行します。

samtools mpileup -g -f Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa ./mapping_results/DRR003760/DRR003760.sort.bam ./mapping_results/DRR003761/DRR003761.sort.bam ./mapping_results/DRR003762/DRR003762.sort.bam > MHC_test4.bcf

次に、以下のコマンドを実行します。ここでは・・・(<-- あとで調べること!)

bcftools view -bvcg MHC_test4.bcf > MHC_test4.var.bcf

次に、以下のコマンドを実行し、VCF形式のoutput fileを作ります(SNPsのリスト)。

bcftools view MHC_test4.var.bcf | vcfutils.pl varFilter -> MHC_test4.var.vcf