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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(9):CotEditorのインストール

2015-04-13

これから先の解析で、テキストファイルを扱うことが頻繁にあります。また、簡単なプログラム(スクリプト)を作成することもよくあります。したがって、使いやすいテキストエディタがあると便利です。

Mac OS Xを使用している場合、私のオススメはCotEditerです。以下のリンクから無料で入手できます。

coteditor.com

CotEditorの利点は、無料であることと、シンプルで軽快に動くことです。あと重要なのは、shell scriptの入力モードがあることです。時々変な止まりかたをすることがありますが、バージョンアップで徐々に良くなっています。

以前はmiというエディタがMacでは良かったのですが、shell scriptに対応するモードが無いこと、最近のバージョンはあまり軽快ではなくなったこと、などから、今はあまり使っていません。

また、Textwranglerというエディタもあり、これも悪くないのですが、唯一の欠点として「行折り返し」の機能(行を折り返す/折り返さない)の切り替えがメンドクサイ、というのがあります。私はこの欠点のため、Textwranglerはあまり使わないのですが、この辺は好みの問題でしょう。