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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

ゲノム決定されている魚類のリスト

全ゲノムがすでに決定されている動物のリストから。ここでは魚類(おもにTeleost fishes)に注目。

Wikipediaから。魚類は11種(シーラカンス含む、軟骨魚類円口類は含まない)。

List of sequenced animal genomes - Wikipedia, the free encyclopedia

Ensembl Genome Browserから。魚類は11種。Species treeで見た方が目的の種を探しやすいかも。
http://www.ensembl.org/info/about/species.html

面白いことに、WikipediaEnsemblとでは構成種が違います。WikipediaではElectric eel(デンキウナギですね)やRainbow trout(ニジマス)が含まれる一方、Ensemblに登録されているBlind cavefish(洞窟にすむ目のないサカナ、カラシン類)やTilapia(ティラピア、日本語ではカワスズメ、シクリッド類)が含まれない。

クロマグロThunnus orientalisはどちらにも載っていません。使いやすいgenome browserが存在しないからかな(データはGenbankから入手可能)。論文はこちら

でも、一番タイムリーに情報が得られるのは、NCBI Genomeデータベースの検索かもしれません。例えば検索ワードを"Teleostei"とすると、49件hitします。"Fishes"だと57件で、もう少し多いです。ただし、どちらのワードでもミトゲノムだけ、というのもhitするので、この49-57はちょっと過大かもしれません。