2015-08-06
まず最初に、マッピングを行うNGSのサンプルデータを入手します。
このデータを使用します。
HapMapで使用されている、東京に住む日本人のデータになります。Illumina HiSeq 2000で読まれたデータ（ペアエンド）で、.sraフォーマットで8.9GBあります。詳しくはこのURLも参照して下さい。
データはこのFTPサイトに置かれています。Firefoxなどのブラウザなら、直接FTPサイトからダウンロードできます。Safariを使用している場合は、直接FTPサイトに接続できないので、ターミナルからftpコマンドを使って接続します。
以下のようにします。
(1) まず、データをダウンロードしたい（自分のMacの）ディレクトリに移動します。
たとえば、今日の日付フォルダ（"150806"など）を適当な場所に作成して、cdコマンドでそのフォルダ内に移動します。
(2) ターミナルのシェルに、以下のように入力します。
ftp ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR251/ERR251633/
うまくつながれば、一連の文字が表示されたあとに
… 250 CWD command successful ftp>
と、"ftp>"コマンド入力を受け付けるモードになります。
このとき、"ERR251633/"の最後の"/"を忘れると
221 goodbye
と表示されて、FTPサイトから抜けてしまうので要注意です。
(3) FTPサイトのディレクトリの位置を確認します。"dir"コマンドを使います。
dir
と入力して
229 Entering Extended Passive Mode (|||50373|) 150 Opening ASCII mode data connection for file list -r--r--r-- 1 ftp anonymous 8862493705 Apr 10 2013 ERR251633.sra 226 Transfer complete
のように表示されればOKです。
データのダウンロードは、"get"コマンドを使って以下のように行います。
get ERR251633.sra
8.9GBあるので、データのダウンロードにはそれなりに時間がかかります（一晩くらいかかる）。
ちなみに、データのダウンロードが終わってFTPサイトを抜けるときは
bye
と入力します。
追記（LFTPを使う）："LFTP"が使えれば、こちらのほうが早いと思います。LFTPはこのサイトから入手できます。Mac OSの場合、packageを展開するだけでインストールできました。使い方は、コマンドをftpからlftpにするだけで、あとは同じです。
