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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

WGSデータの参照ゲノム配列へのマッピング (5): VCF fileの生成、アノテーション

2015-08-06

Mapping結果の.bam fileから、SNPなどの多型を抽出して、VCF formatのfileを生成します。その後、Variant Effect Predictorを使ってSNPのアノテーションを行います。方法は以前紹介したこのエントリ(VCF fileの生成)や、このエントリ(Variant Effect Predictorの使い方その1)このエントリ(Variant Effect Predictorの使い方その2)とほとんど同じです。

(1) 多型情報の抽出(VCF fileの生成)

samtools (bcftools)を使って以下のコマンドを実行します。

# mpileup // やや時間がかかる(30分-1時間)
samtools mpileup -g -f Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa ERR251633.chr6.sort.bam > ERR251633.chr6.bcf
# bcftools view
bcftools view -bvcg ERR251633.chr6.bcf > ERR251633.chr6.var.bcf
# bcftools vcfutils.pl
bcftools view ERR251633.chr6.var.bcf | vcfutils.pl varFilter -> ERR251633.chr6.var.vcf

(2) Variant Effect PredictorによるSNPsアノテーション

Variant Effect Predictorのページに移動し、"ERR251633.chr6.var.vcf"を"Or upload file:"のところでアップロードして、解析を実行します。解析結果の見方はこちらを参照して下さい。