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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

IGV (Integrative Genomic Viewer)のインストール(Macの場合)

Broad Instituteが提供しているIGV (Integrative Genomic Viewer)のインストールについての覚え書きです。

まず最初に、以下のIGVのPageを開きます。

Home | Integrative Genomics Viewer

"Download"のところをクリックします。最初は、ユーザ登録を求められるので、登録のページに移動してメールアドレスを入力します。メールアドレスを送ると、ダウンロードのページに移動できます。

IGVのインストール方法は3つあります。
(1) Mac applicationとしてIGVをインストールする
(2) "Use the Java Web Start buttons"を使用する
(3) バイナリをダウンロードして、コマンドラインからIGVを立ち上げる

このうち(1)ですが、このAppを使用するためには、MacJava 7がインストールされている必要があります。Java 6 (JRE1.6)を使用している場合は、(2)の方法でインストールする必要があります。自分のMacJavaのversionを確認するためには、ターミナルを起動して

java -verison

と入力します。

たとえば私のMac (OS10.8.5) <--ちょっと古い では、こうでした。Version 6です。

java version "1.6.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_65-b14-462-11M4609)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.65-b04-462, mixed mode)

そこで、(2)の方法で行きます(もし最初からJava 7がインストールされている場合は、(1)でダウンロードしたアプリをダブルクリックするだけでIGVが開くと思います)。

まず、Dowanloadページから"Java Web Start"をインストールします。うまくいけば、ダウンロードされたファイル"igv_hm.jnlp"(注)をダブルクリックするとIGVのインストールが始まり、起動します。他のソフト(テキストエディタ等)で開いてしまう場合、「右クリック」-> 「このアプリケーションで開く」-> 「Java Web Start.app」とします。

うまく行かない場合、Java Runtime Environmentをupdateする必要があり、この場合はOSの指示に従って最新のJREをインストールします。

インストールが完了すると、IGVのエイリアスがデスクトップに生成されます。

(3) の方法については試していません(Linuxなどではこちらを使う?)


注:igv_hm.jnlpがダウンロードされる位置

/private/var/folders/nz/cgn91zkn2vg1lp8fbnvmbgvr0000gn/T/igv_hm.jnlp