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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

非モデル生物ゲノムのde novo assembly(その1): はじめに、いくつかの方法

2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。
(現在、いろいろ試しているので、ちょっとずつ更新する予定です // 2016-03-02)

非モデル生物の全ゲノムを決定する方法として、ここでは以下の2つを取り上げます。

1. Illumina HiSeqなどによるペアエンドリード & HiSeqによるメイトペアリード

Platanus assemblerを使用する方法
以下のエントリを参照(未作成 160302)

2. Illumina HiSeqリード & PacBioリードによるhybrid assembly

(1) PlatanusによるIllumina short readsのde novo assemble, scaffolding & FGAPによるgap closing
以下のエントリを参照(未作成 160302)

(2) DBG2OLCを使用する方法
インストール方法
使用方法
PacBioによるde novo assembly およびhybrid assemblyについての参考サイト
github.com