2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。
（現在、いろいろ試しているので、ちょっとずつ更新する予定です // 2016-03-02）
非モデル生物の全ゲノムを決定する方法として、ここでは以下の2つを取り上げます。
1. Illumina HiSeqなどによるペアエンドリード & HiSeqによるメイトペアリード
Platanus assemblerを使用する方法
以下のエントリを参照（未作成 160302）
2. Illumina HiSeqリード & PacBioリードによるhybrid assembly
(1) PlatanusによるIllumina short readsのde novo assemble, scaffolding & FGAPによるgap closing
以下のエントリを参照（未作成 160302）
(2) DBG2OLCを使用する方法
インストール方法
使用方法
PacBioによるde novo assembly およびhybrid assemblyについての参考サイト
github.com
