NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

Haplotype networkを作成するソフトPopART

系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。

http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml

名前の通り、原色のpopなHPである。

ネットワーク図については、minimum spaning networkやmedian joining network, ほかTCSのstatistical parsimony networkなど、6種類くらいのものに対応している。Input fileはNexus形式で、Sequence名についても文字数の制約などはないようだ。

計算結果のネットワーク図は、画面上で直感的に修正できる。こういうソフトは意外となかったので、かなり便利。HP上でのdocumantationも充実している。