系統地理などでよく使うハプロタイプネットワークの作成で、PopARTというソフトが使いやすい。
http://popart.otago.ac.nz/documentation.shtml
名前の通り、原色のpopなHPである。
ネットワーク図については、minimum spaning networkやmedian joining network, ほかTCSのstatistical parsimony networkなど、6種類くらいのものに対応している。Input fileはNexus形式で、Sequence名についても文字数の制約などはないようだ。
計算結果のネットワーク図は、画面上で直感的に修正できる。こういうソフトは意外となかったので、かなり便利。HP上でのdocumentationも充実している。
[2021.4.19追記] WindowsやMacで使用する場合、読み込む.nexファイルがある階層のディレクトリに、日本語名があるとうまく読み込めないようだ。ディレクトリ名には日本語名を入れないようにする。
