Macを使っていると、大昔のMacCladeの代わりになるアラインメントエディタがなくてちょっと困ったりする。さすがにもうMacCladeは使えないので、何かないかといつも悩んでいたが、今回見つけたAliViewというソフトが決定版かもしれない。
軽快な動作で、アラインメントファイル（FASTA, ALN, NEXなど対応）を編集できる。最初にEdit modeを選択して、その後はキーボードの操作のみで塩基の書き換え、削除、水平移動などが可能。一通り使ってみた雰囲気では、MacCladeでできていたアラインメントの編集操作はほぼ全て行うことが可能のようだ。操作には少し癖があるが、慣れると使いやすい。
- space: gapの挿入
- command + delele: 1塩基の削除
- command + [atgc]: 1塩基の挿入
など。commandを押しながらの操作が基本になっている。
また
- "-"を押すとズームアウト
- "shift and +" でズームイン
となる。
AliViewはフリーで使用できる。Macだけでなく、WindowsやLinuxにも対応している。
今時MacCladeを知っている人の方が少ないかもしれないが、後継のMesquiteはちょっと使いにくいし、MEGAはMacでは不安定だし、 SeaViewは機能的に制限が多い（簡単な系統樹を書けるのは便利！）など、なかなか良いものがなかったのだが、これで解消されそうだ。
