2015-03-05(2) samtoolsによる解析samtools# samtools view sam --> bamの変換を行う samtools view -bS DRR003760.sam > DRR003760.bam # samtools sort bam fileのsorting（意味？？）を行う samtools sort DRR003760.bam DRR003760.sort # samtools index…

2015-03-05(1) bwaを用いた解析 i) リファレンス配列のindexの作成 まずは、リファレンスとなる配列（ここではヒトゲノムChr.6）の indexを作成する。Macの性能にもよるが、5分程度かかる。 bwa index -a bwtsw Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa …

2015-03-05(2) 解析に使用するデータの入手# ヒトMHCデータのダウンロード（NBDCヒトデータベースから） DRA (SRA)データのダウンロード：FTPを使用する。ブラウザから直接ダウンロード可能。ここでは、".sra"のファイルをダウンロードする。ここでは http:/…

2015-03-05概要：ヒトMHC領域を含む6番染色体に、sequence captureで配列決定されたヒト33個体のMHC領域の配列をマッピングする Mac OS XのTerminalを使って解析を行う。詳しい解析はRを使う（--> 次回4/13） 1. 下準備（必要なソフトのインストール、データ…