NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

DBG2OLC

非モデル生物ゲノムのde novo assembly(その2):DBG2OLCを使用する(2): 解析の流れ

(2016-03-04 暫定版です)前回の続きです。Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど)のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用い…

非モデル生物ゲノムのde novo assembly(その2):DBG2OLCを使用する(1): 下準備とインストール

ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど)のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…