Perl
FASTA形式の塩基配列(アミノ酸配列)ファイルをNEXUS形式やPHYLIP形式に変換したい、ということはよくあります。単一のファイルならClustalwやMacCladeを使用して変換できますが、多数のFASTAファイルを扱う場合(数百〜数千遺伝子を用いた系統解析など)、…
FASTA形式(.fa|.aln|.fasta)の配列ファイル(アラインメント済)をNEXUS形式 (.nex)に変換するスクリプトです。あとでMrBayesで解析を行うため、outfileにはmrbayes block(パラメータは固定)が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。繰り返…