Ubuntu (20.04 LTS)を入れたノートパソコンでeGPUのセッティングをしたので、備忘録的なメモを書いておく。 eGPUの主な使用目的 Nanopore MinIONで読んだゲノム配列のベースコール（guppy_basecaller, dorado) NextGenMapなどによるショートリードのリファレ…

BAM file (.bam)から、reference sequencesにmapされなかったreadsを抽出する方法について。以下、ちょっとした覚え書き。BAM fileはbwaなどでreference sequence(s)にNGS readsをマッピングした結果のoutput file であるSAM file (.sam)を圧縮したファイル…

2015-08-06Mapping結果の.bam fileから、SNPなどの多型を抽出して、VCF formatのfileを生成します。その後、Variant Effect Predictorを使ってSNPのアノテーションを行います。方法は以前紹介したこのエントリ（VCF fileの生成）や、このエントリ（Variant E…

2015-08-06ヒトゲノム参照配列に対して、NGSのリード（ERR251633）をbwaを使ってマッピングします。この辺りの解析は、以前のエントリと大体同じです。ただし、今回はmappingの前にNGSのraw dataに前処理をします。MappingするFASTQ fileに対して、qualityの…