複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。
#!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできていない <-- 不要 #mpirun -np 8 mb-mpi # for $fname # 1. .fasta(.aln) --> .nexに変換 & mrbayes block追加 // fasta_to_nex.pl使用 # 2. mrbayes実行 (mpi) # 3. sedで$fnameの拡張子除く # 4. mrbayesの結果ファイルを$fnameのdirectoryに移動 # done mkdir mb_results # 解析を行うdirectory for fname in *.aln; do # 1. sedで$fnameの拡張子除く fname=`echo "$fname" | sed -E 's/\.aln//g'` # 拡張子を除く # 2. .fasta(.aln) --> .nexに変換 & mrbayes block追加 // fasta_to_nex.pl使用 ./fasta_to_nex.pl $fname.aln > $fname.nex mv $fname.nex mb_results # 3. mrbayes実行 // MPIで実行すると早く動くが、たまにエラーが出て止まる。原因不明 ctrl-cでskipできる（手動だけど・・） # set quitonerror=no;を.nex fileのmrbayes blockに入れることで上記のエラー停止を回避できる fasta_to_nex.plを修正 <-- 150325 mpirun -np 4 mb ./mb_results/$fname.nex #mb ./mb_results/$fname.nex # mpiでなく実行 # 4. sedで$fnameのいろんな拡張子除く fname=`echo "$fname" | sed -E 's/\.fasta.+//g'` # 5. mbsum実行 (n=500 <-- burnin 50,000) mbsum -n 501 -o ./mb_results/$fname.in ./mb_results/$fname.fasta.blastp.cds.masked.nex.run?.t # 6. mrbayesの結果ファイルを$fnameのdirectoryに移動 mkdir ./mb_results/$fname mv ./mb_results/$fname.* ./mb_results/$fname done # 7. bucky実行 // shell scriptとしては動かさない alpha valueなどいろいろ調整がある # bucky ./mb_results/comp*/*.in
