2015-03-05
概要:ヒトMHC領域を含む6番染色体に、sequence captureで配列決定されたヒト33個体のMHC領域の配列をマッピングする
Mac OS XのTerminalを使って解析を行う。詳しい解析はRを使う(--> 次回4/13)
1. 下準備(必要なソフトのインストール、データのダウンロード)
(1) 必要なソフトのインストール
bwa (Burrows-Wheeler Aligner)のインストール
Burrows-Wheeler Aligner
make #コンパイル実行 ./bwa #うごかしてみる
samtoolsのインストール
SAMtools
SRA toolkitのインストール
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
PATHを通す
.bash_profileの作成
cd ~ # home directoryに移動 emacs .bash_profile # emacsで.bash_profile作成(.から始まる不可視ファイル)
.bash_profileに以下のように書き込む
export PATH=$PATH:"path_to_program_files" # PATH 環境変数の変更(PATH通す)
"path_to_program_files"には、programのファイルがあるdirectoryのpath、たとえば、"/Users/Hashi_private_Mac/sources/bwa-0.7.12"のように入力する。
ctrl+x ctrl+s # これで保存
ctrl+x ctrl+c # これでemacs閉じる
ShellにPATHを認識させるため、以下のコマンドを入力。あるいは一度shellを閉じて再度開く。
source .bash_profile # .bash_profile実行
Tabletのインストール (optional)
http://ics.hutton.ac.uk/tablet/