2015-03-05
samtools tviewコマンドで、簡易的な.bam file viewerを使うことができます。samtools tviewの詳しい使用方法は、
NGS Surfer's Wiki | SAMtools
を参照して下さい。
ここでは、ヒトclass I MHC領域の特定の遺伝子に、MiSeqのリードがmapされているかどうかを確認します。
(1) samtools tviewを起動する
以下のように入力します。
samtools tview DRR003760.sort.bam Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa
(2) HLA遺伝子領域に移動する
samtools tviewを起動した状態で"g"を押すと、
+------------------------------------------------+ | Goto: | +------------------------------------------------+
のようなものが出るので、ここで
6:29942470
と入力してreturn。これで、HLA-Aのコードされている位置（Chr.6: 29942470-）に移動します。
ここから、位置を右（3'側）に移動するには
l（小文字L）:1bpずつ移動
shift+l（大文字L） ：20bpずつ移動
ctrl+l：1,000bpずつ移動
逆に左（5'側）に移動する場合は、"h"を使用する。使い方は"l"と同じ。
その他、captureされているMHC遺伝子の位置は以下になります。それぞれチェックしてみて下さい。
HLA-A: 6:29942470..29945884 HLA-C: 6:31268749..31272136 HLA-B: 6:31353868..31357212 HLA-DRB1: 6:32578769..32589836 HLA-DQA1: 6:32637396..32654774 HLA-DQB1: 6:32659464..32666689
(3) その他、いくつかのコマンド
## samtools tviewの動かし方（いくつかのコマンド） ? # コマンドのhelpを表示 g # 入力した数値の位置に移動 (ex: 6:29942470) ctrl + H #左に移動 (1000bp) ctrl + L #右に移動 (1000bp) shift + H #左に移動 (20bp) shift + L #左に移動 (20bp) H #右に移動 (1bp) L #左に移動 (1bp) K #下に移動 (1bp) J #上に移動 (1bp) M # readのqualityで色分け（黄色、緑、青はquality低い） N # readの塩基で色分け（ATGCatgc） Q #終了
