Broad Instituteが提供しているIGV (Integrative Genomic Viewer)のインストールについての覚え書きです。
まず最初に、以下のIGVのPageを開きます。
Home | Integrative Genomics Viewer
"Download"のところをクリックします。最初は、ユーザ登録を求められるので、登録のページに移動してメールアドレスを入力します。メールアドレスを送ると、ダウンロードのページに移動できます。
IGVのインストール方法は3つあります。
(1) Mac applicationとしてIGVをインストールする
(2) "Use the Java Web Start buttons"を使用する
(3) バイナリをダウンロードして、コマンドラインからIGVを立ち上げる
このうち(1)ですが、このAppを使用するためには、MacにJava 7がインストールされている必要があります。Java 6 (JRE1.6)を使用している場合は、(2)の方法でインストールする必要があります。自分のMacでJavaのversionを確認するためには、ターミナルを起動して
java -verison
と入力します。
たとえば私のMac (OS10.8.5) <--ちょっと古い では、こうでした。Version 6です。
java version "1.6.0_65" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_65-b14-462-11M4609) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.65-b04-462, mixed mode)
そこで、(2)の方法で行きます(もし最初からJava 7がインストールされている場合は、(1)でダウンロードしたアプリをダブルクリックするだけでIGVが開くと思います)。
まず、Dowanloadページから"Java Web Start"をインストールします。うまくいけば、ダウンロードされたファイル"igv_hm.jnlp"(注)をダブルクリックするとIGVのインストールが始まり、起動します。他のソフト(テキストエディタ等)で開いてしまう場合、「右クリック」-> 「このアプリケーションで開く」-> 「Java Web Start.app」とします。
うまく行かない場合、Java Runtime Environmentをupdateする必要があり、この場合はOSの指示に従って最新のJREをインストールします。
インストールが完了すると、IGVのエイリアスがデスクトップに生成されます。
(3) の方法については試していません(Linuxなどではこちらを使う?)
注:igv_hm.jnlpがダウンロードされる位置
/private/var/folders/nz/cgn91zkn2vg1lp8fbnvmbgvr0000gn/T/igv_hm.jnlp