Ubuntu (20.04 LTS)を入れたノートパソコンでeGPUのセッティングをしたので、備忘録的なメモを書いておく。
eGPUの主な使用目的
- Nanopore MinIONで読んだゲノム配列のベースコール（guppy_basecaller, dorado)
- NextGenMapなどによるショートリードのリファレンスゲノムへのマッピング
使用機材
- 使用マシン：マウスコンピュータ DAIV 3n（WIndowsは削除し、Ubuntu 20.04 LTSをクリーンインストールしたもの） Thunderbolt 3 対応のノートパソコンなら何でも
- eGPU box: AKTIO Node TITAN
- GPU: NVIDIA Quadro RTX 4000
事前準備
anacondaを使用できるようにしておく。
作業手順
1. Secure bootのオフ
Ubuntuのターミナルに以下のように入力してBIOSを起動し、Secure bootを"Disabled"に変更する。
sudo systemctl reboot --firmware-setup
2. Thunderbolt 3のセキュリティをオフ（こちらは不要かもしれない：未確認）
次にBIOSからThunderbolt 3のセキュリティをオフにする。設定を変更して再起動（Save & Exit）。
3. eGPU Boxを接続する
Thunderbolt 3のケーブルをパソコンに繋いで、eGPU boxの電源を入れる。
4. NVIDIAのデバイスドライバをインストールする
当然、ドライバが入っていない状態で接続してもコンピュータはeGPUを認識しないので、まずデバイスドライバをインストールする。以下のコマンドを実行する。
sudo apt install nvidia-driver-440
インストールが終了したら、コンピュータを再起動する。
5. CUDA-Toolkitをインストールする
いろいろな方法があるが、今回はcondaを使って導入した（これが一番簡単だと思う）。以下を実行する。現在はCUDA 11.3.1をインストールした。使用するGPUによって適切なバージョンを選択する。
conda install -c anaconda cudatoolkit
