2016-01-01から1年間の記事一覧
参考URL: https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=4133 GATK HaplotypeCallerを使用して、リファレンスにマッピングされた特定の個人のヒトゲノムからSNPやINDELなどの多型を抽出するとき、-L optionを使用することで、計算量を節約できます…
以下は個人的なメモ（覚え書き）になります。GATKでは、BAM fileにRead Group (@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。でもRead Groupって何、どうやって付けるの？ 何を書けばいいの？ という点で疑問だったので、ちょっと勉強してみまし…
VCFファイルの解析に使用するツールとしてGATKをダウンロード、インストールしました。以下は個人的なメモです。GATKのインストールには、以下の本のP.149-154を参照しました。www.amazon.co.jp(1) 下準備今回インストールしたコンピュータはMacBook Air 11i…
de novo assembleで得られたゲノムやRNA-Seqのデータについての統計値（contig長の平均・中央値・最大値、またN50-N100の値など）を確認したいときに便利なツールとして、assembly-statsを紹介します。以下のサイトからソースコードをダウンロードしてコンパ…
（2016-03-04 暫定版です）前回の続きです。Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用い…
ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…
2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。 （現在、いろいろ試…
以前、VCFファイルから必要なデータを抽出する方法として、Rを使う方法を少し書きました。複雑な操作をする時はRが便利と思いますが、比較的簡単な操作（たとえば特定の情報を持つSNPsの行を抽出する場合など）を行う場合は、UNIXのコマンドである"grep"を利…
IGVにRefSeqなど、ヒトゲノム上の遺伝子アノテーションを取り込む方法についてです。IGVでは、"File" メニューの"Load from Server"から、ゲノム上の位置に関連付けられたアノテーション情報を読み込むことができます。(1) "File" -> "Load from Server"の中…
