NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2016-01-01から1ヶ月間の記事一覧

VCF fileの操作:grepを使用する方法

以前、VCFファイルから必要なデータを抽出する方法として、Rを使う方法を少し書きました。複雑な操作をする時はRが便利と思いますが、比較的簡単な操作(たとえば特定の情報を持つSNPsの行を抽出する場合など)を行う場合は、UNIXのコマンドである"grep"を利…

IGVの使い方(1): ヒトゲノムannotation情報の取り込み

IGVにRefSeqなど、ヒトゲノム上の遺伝子アノテーションを取り込む方法についてです。IGVでは、"File" メニューの"Load from Server"から、ゲノム上の位置に関連付けられたアノテーション情報を読み込むことができます。(1) "File" -> "Load from Server"の中…