NanoporeのMinIONによるロングリードのゲノム決定において、解析のネックとなるのはベースコールであろう。10-20 Gbpのデータであると、outputのFAST5ファイルからベースコールを行うと、guppyのCPU版だと1ヶ月くらいかかることがある。しかしながら、GPUを…

最近使用しているNanopore (MinION)のロングリードからのアセンブラ2つ（230203現在：更新しながら公開しています）。 解析環境 Linux (Ubuntu 16.04 LTS) Intel® Xeon(R) CPU E5-2640 v4 @2.40 GHz x 40 (40 threads), 512 GB RAM アセンブラ NECAT github.…