NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2022-12-01から1ヶ月間の記事一覧

生き物を観察することと、世界をより深く「見る」こと

忙しかった2022年もあと2日で終わるけれど、今日も研究室に来て仕事をしている。今年読んだ本で、一番感銘を受けたのは「図鑑を見ても名前がわからないのはなぜか?」という、自然史の研究者による、生物の「同定」についての本だ。といっても難しい専門書で…

NanoporeロングリードからのアセンブラNECATとNextDenovo

最近使用しているNanopore (MinION)のロングリードからのアセンブラ2つ(230203現在:更新しながら公開しています)。 解析環境 Linux (Ubuntu 16.04 LTS) Intel® Xeon(R) CPU E5-2640 v4 @2.40 GHz x 40 (40 threads), 512 GB RAM アセンブラ NECAT github.…

2022-12-06の近況

12月になって、急に冬らしくなりました。最近は、講義の合間に停滞気味の研究を進めつつ、12/21-23の九州大学大学院での集中講義の準備に追われています。今年は本当に忙しい年のようです。。(2022-12-06)おまけ 年末の九大での集中講義は、雪が降ってびっ…

2022-11-14の近況

すっかり秋です。食欲の秋で食べ物が美味しいので、最近はやや体重が増加傾向です・・・ また、そのせいかわかりませんが、ぎっくり腰になってしまいました。幸い今回は歩くことはできるくらい軽いのですが、中腰になってものを拾ったり、重いものを持ったり…