以下は、ほとんど自分用のメモ。 ncbi-genome-downloadなどを使って、NCBI Genomeの魚類ゲノムをまとめてダウンロードしたい場合、"vertebrate_other"を指定すると魚類以外の脊椎動物のゲノムも一緒にダウンロードされてしまうので、ちょっとした工夫が必要…

暑さ寒さも彼岸まで、とはよく言ったもので、秋分の日を過ぎたらちゃんと秋らしくなってきました。今週はひさしぶりにフィールドに行く予定があり、楽しみです。(2023.10.02)(10/25追記：フィールドの様子） 川の様子（調査地ではありません）採集したタナゴ…

多重遺伝子の分子進化や、複数遺伝子座を使った系統解析で、個々の遺伝子のゲノム上の位置を示した図を作りたい時がありますが、そういう時に使える簡単な方法を調べたところ、以下のサイトがありました。https://stackoverflow.com/questions/33727432/how-…

気がついたらもう梅雨になっていました。毎日何かと忙しく過ごしているうちに、日々が過ぎていきます。息子の成長と、自分が少し歳を取ったことを感じます。(2023.6.11)伊勢田の弁天様にお参りをしています。 伊勢田の弁財天

3月に入ってだいぶ春らしくなってきました。昔からこの時期は花粉症が酷かったのですが、数年前に舌下免疫療法を試したところ、昨年くらいから症状がかなり改善して、だいぶ過ごしやすくなりました。ありがたいことです。(2023.3.7)

BRAKER 3.0.0をインストールしたので、それぞれの遺伝子予測方法の結果を比較してみた。インストール編はこちら。 Brakerによる遺伝子予測 GeneMark-EXおよびAUGUSTUSのtrainingに使用する配列情報により、3つの方法が提案されている。 Braker1: トランスク…

2023年3月3日、遺伝子予測プログラムBrakerの改良版であるBraker3が公開された。Brakerは、RNA-seqなどのtranscriptsをhintとしてゲノム中の遺伝子予測を行うBraker1と、近縁種などのタンパク質アミノ酸配列をhintとして遺伝子予測を行うBraker2があるが、Br…

2023年になりました。今年もよろしくお願いします。年末年始は、2年ぶりに広島の実家に帰省して過ごしました。実家では、なんというか息子の成長を感じました。ところで、帰省中の空いた時間に読んでいた、生物の新種発見についての本がとても面白かったです…

「自傷的自己愛」の精神分析 (角川新書)作者:斎藤 環KADOKAWAAmazon斉藤環さんの「自傷的自己愛」の精神分析、とても面白い本だった。この本で書かれている自傷的自己愛というのは、自己評価が低くて、自分はダメな人間だ、とずっと思いながらも、そんな自分…

NanoporeのMinIONによるロングリードのゲノム決定において、解析のネックとなるのはベースコールであろう。10-20 Gbpのデータであると、outputのFAST5ファイルからベースコールを行うと、guppyのCPU版だと1ヶ月くらいかかることがある。しかしながら、GPUを…

Ubuntu (20.04 LTS)を入れたノートパソコンでeGPUのセッティングをしたので、備忘録的なメモを書いておく。 eGPUの主な使用目的 Nanopore MinIONで読んだゲノム配列のベースコール（guppy_basecaller, dorado) NextGenMapなどによるショートリードのリファレ…

とても忙しかった2022年も、残すところあと1週間になりました。最近、自分の研究に対するモチベーションが上がっているな、と感じます。あとは頑張って研究を進めて、論文を書くのみであります(2022.12.26)