NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

2023-02-01から1ヶ月間の記事一覧

GPUを使ったNanoporeのベースコール比較

NanoporeのMinIONによるロングリードのゲノム決定において、解析のネックとなるのはベースコールであろう。10-20 Gbpのデータであると、outputのFAST5ファイルからベースコールを行うと、guppyのCPU版だと1ヶ月くらいかかることがある。しかしながら、GPUを…