以下は個人的なメモ（覚え書き）になります。GATKでは、BAM fileにRead Group (@RG)が付いてないとエラーが出て解析ができないようです。でもRead Groupって何、どうやって付けるの？ 何を書けばいいの？ という点で疑問だったので、ちょっと勉強してみまし…

2015-08-06ヒトゲノム参照配列に対して、NGSのリード（ERR251633）をbwaを使ってマッピングします。この辺りの解析は、以前のエントリと大体同じです。ただし、今回はmappingの前にNGSのraw dataに前処理をします。MappingするFASTQ fileに対して、qualityの…

2015-03-05(1) bwaを用いた解析 i) リファレンス配列のindexの作成 まずは、リファレンスとなる配列（ここではヒトゲノムChr.6）の indexを作成する。Macの性能にもよるが、5分程度かかる。 bwa index -a bwtsw Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa …