RNA-Seqで得られる多数の異なる遺伝子座のデータをもとに系統推定をする方法について、以下では考えていきます。以下には、解析の方針を箇条書きにしてみます（変更の可能性あり）。(1) RNA-Seqによるデータの入手（Illumina MiSeqなどを使用）(2) Reference…

FASTA形式の塩基配列（アミノ酸配列）ファイルをNEXUS形式やPHYLIP形式に変換したい、ということはよくあります。単一のファイルならClustalwやMacCladeを使用して変換できますが、多数のFASTAファイルを扱う場合（数百〜数千遺伝子を用いた系統解析など）、…

2014-04-13VCF fileのフォーマットについては、以下のURLにあるPDF fileに説明されています。ここでは、VCF formatによるDNA多型（SNPおよびindel）の記述方式を読み解いていきます。http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.1.pdfまず、VCF formatについ…

2015-04-13MiSeqデータのMHC領域へのマッピング（7）：samtools mpileup, bcftoolsでSNPsを抽出する - NGSデータ解析まとめ(1) VCF fileの修正（下準備） まず、上記エントリで作成したVCF formatのファイル（MHC_test4.var.vcf）を、テキストエディタで開い…

2015-04-13これから先の解析で、テキストファイルを扱うことが頻繁にあります。また、簡単なプログラム（スクリプト）を作成することもよくあります。したがって、使いやすいテキストエディタがあると便利です。Mac OS Xを使用している場合、私のオススメはC…

2015-04-13ここから、VCF formatのファイルを読んで、必要な情報（SNPサイト、SNPの位置・allele頻度、既知のSNPsとの関連など）の抽出を進めていきます。ここからの解析は、おもに統計パッケージのRを使用します。Rは以下のURLから、リンクをたどって入手、…

2015-03-05まず、 MiSeqデータのMHC領域へのマッピング（5）：bwa, samtools indexまでを同時に行うスクリプト - NGSデータ解析まとめ のshell script (mapping_mhc.sh)を使って、DRR003760, DRR003761, DRR003762の3つのMiSeqデータをヒトchr.6にマッピング…

2015-03-05samtools tviewコマンドで、簡易的な.bam file viewerを使うことができます。samtools tviewの詳しい使用方法は、 NGS Surfer's Wiki | SAMtools を参照して下さい。ここでは、ヒトclass I MHC領域の特定の遺伝子に、MiSeqのリードがmapされている…

2015-03-05記事(3)-(4)の作業を一度に行うshell scriptを作りました。カレントディレクトリにあるすべての.fastqファイルに対して、ヒトChromosome 6へのマッピングを行い、.sort.bamファイル、index fileを作成します。使い方：.fastqファイルおよびreferen…