BRAKER 3.0.0をインストールしたので、それぞれの遺伝子予測方法の結果を比較してみた。インストール編はこちら。 Brakerによる遺伝子予測 GeneMark-EXおよびAUGUSTUSのtrainingに使用する配列情報により、3つの方法が提案されている。 Braker1: トランスク…

2023年3月3日、遺伝子予測プログラムBrakerの改良版であるBraker3が公開された。Brakerは、RNA-seqなどのtranscriptsをhintとしてゲノム中の遺伝子予測を行うBraker1と、近縁種などのタンパク質アミノ酸配列をhintとして遺伝子予測を行うBraker2があるが、Br…

ずいぶん久しぶりの更新（100日振り！）。でも忘れているわけではないのです・・・ Linux（ubuntu 16.04 LTS)にblasrをインストールした。いろいろ苦戦したので、方法の簡単なメモを残しておく。 blasrについては、以前も別のコンピュータにインストールしこ…

（2016-03-04 暫定版です）前回の続きです。Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。ここではDGB2OLCのManualに示されているサンプルデータを用い…

ここでは、Illumina NGS (HiSeq, MiSeqなど）のデータとPacBioのデータの両方を使ってゲノムのde novo assembleを行う (hybrid assembly)方法について書きます。具体的には、DBG2OLCを使った方法について書いていきます。私の使用している環境は、以下になり…

2016年現在、次世代シーケンサーを使って、非モデル生物のdraft genomeを個人レベルで決定することもだいぶ現実的になってきました。ここでは、最近試みているNGSで得られたゲノム配列データのde novo assembleについて考えていきます。 （現在、いろいろ試…