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NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

MiSeqデータのMHC領域へのマッピング(4):samtools (view, sort, index)

2015-03-05

(2) samtoolsによる解析

samtools

# samtools view
sam --> bamの変換を行う

samtools view -bS DRR003760.sam > DRR003760.bam

# samtools sort
bam fileのsorting(意味??)を行う

samtools sort DRR003760.bam DRR003760.sort

# samtools index (sort.bam)
bam index作成

samtools index DRR003760.sort.bam