複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。 #!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできて…

FASTA形式（.fa|.aln|.fasta）の配列ファイル（アラインメント済）をNEXUS形式 (.nex)に変換するスクリプトです。あとでMrBayesで解析を行うため、outfileにはmrbayes block（パラメータは固定）が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。繰り返…

とりあえず、自分が日々作っているNGS関係のPerl scriptの断片とか、NGS関連、進化生物関連のプログラムの使い方とかをopenにしておく、半分以上自分のためのメモ、という使い方でどうか？当面の記事（何か書けそうなもの） Trinity --> TrinotateによるRNA-…

ノロウイルス感染で自主的な出勤停止（今日まで）をしているため、暇なのでとりあえず登録してみた。はてなダイアリーからこちらへ移行 or 並立で始めてみよう。とりあえず どう棲み分けるか こっちのブログタイトル 主な記事内容 をまずは考える。まだ、こ…