NGSデータ解析まとめ

サカナ研究者の手探りNGS解析(おもに進化生物学)

Rを使って、ゲノム上に遺伝子の位置を表示する

多重遺伝子の分子進化や、複数遺伝子座を使った系統解析で、個々の遺伝子のゲノム上の位置を示した図を作りたい時がありますが、そういう時に使える簡単な方法を調べたところ、以下のサイトがありました。

https://stackoverflow.com/questions/33727432/how-to-plot-positions-along-a-chromosome-graphic

Rのbarplot関数を使う方法が簡単で、これは自分のデータでもできました。ggplot2を使う方法は試していませんが、こちらもできそうです。遺伝子名と一緒に示したい場合は、こちらが良い感じです。

ちなみに自分のデータでやってみたら、こんな感じになりました(ドジョウのゲノム上にある1,798個の遺伝子の位置を横線で表示)。