2015-03-05まず、 MiSeqデータのMHC領域へのマッピング（5）：bwa, samtools indexまでを同時に行うスクリプト - NGSデータ解析まとめ のshell script (mapping_mhc.sh)を使って、DRR003760, DRR003761, DRR003762の3つのMiSeqデータをヒトchr.6にマッピング…

2015-03-05samtools tviewコマンドで、簡易的な.bam file viewerを使うことができます。samtools tviewの詳しい使用方法は、 NGS Surfer's Wiki | SAMtools を参照して下さい。ここでは、ヒトclass I MHC領域の特定の遺伝子に、MiSeqのリードがmapされている…

2015-03-05記事(3)-(4)の作業を一度に行うshell scriptを作りました。カレントディレクトリにあるすべての.fastqファイルに対して、ヒトChromosome 6へのマッピングを行い、.sort.bamファイル、index fileを作成します。使い方：.fastqファイルおよびreferen…

2015-03-05(2) samtoolsによる解析samtools# samtools view sam --> bamの変換を行う samtools view -bS DRR003760.sam > DRR003760.bam # samtools sort bam fileのsorting（意味？？）を行う samtools sort DRR003760.bam DRR003760.sort # samtools index…

2015-03-05(1) bwaを用いた解析 i) リファレンス配列のindexの作成 まずは、リファレンスとなる配列（ここではヒトゲノムChr.6）の indexを作成する。Macの性能にもよるが、5分程度かかる。 bwa index -a bwtsw Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa …

2015-03-05(2) 解析に使用するデータの入手# ヒトMHCデータのダウンロード（NBDCヒトデータベースから） DRA (SRA)データのダウンロード：FTPを使用する。ブラウザから直接ダウンロード可能。ここでは、".sra"のファイルをダウンロードする。ここでは http:/…

2015-03-05概要：ヒトMHC領域を含む6番染色体に、sequence captureで配列決定されたヒト33個体のMHC領域の配列をマッピングする Mac OS XのTerminalを使って解析を行う。詳しい解析はRを使う（--> 次回4/13） 1. 下準備（必要なソフトのインストール、データ…

複数のFASTA fileのinputから、MrBayesのinfileを順次作成して、順次MrBayesによる解析を実行する。各遺伝子ごとの解析結果から、BUCKyのinput file (*.in)をmbsumで作成する。 #!/usr/bin/sh # multi_mb.sh # 0. mrbayes mpiで動く設定にする // まだできて…

FASTA形式（.fa|.aln|.fasta）の配列ファイル（アラインメント済）をNEXUS形式 (.nex)に変換するスクリプトです。あとでMrBayesで解析を行うため、outfileにはmrbayes block（パラメータは固定）が付きます。引数はワイルドカードに対応していません。繰り返…

とりあえず、自分が日々作っているNGS関係のPerl scriptの断片とか、NGS関連、進化生物関連のプログラムの使い方とかをopenにしておく、半分以上自分のためのメモ、という使い方でどうか？当面の記事（何か書けそうなもの） Trinity --> TrinotateによるRNA-…

ノロウイルス感染で自主的な出勤停止（今日まで）をしているため、暇なのでとりあえず登録してみた。はてなダイアリーからこちらへ移行 or 並立で始めてみよう。とりあえず どう棲み分けるか こっちのブログタイトル 主な記事内容 をまずは考える。まだ、こ…